涿鹿之战，黄帝大胜蚩尤，七大先锋兽族功不可没，黄帝遂封七大兽族各持有一块七曜（日、月、金、木、水、火、土）晶玉，每个晶玉皆蕴含著一种不可思议的力量。
兽族间本就存在著的冲突，在黄帝殁后越演越烈，终于燃起烽烟；大战之后，原本就居于弱势的兽族从此灭亡，而七曜晶玉也因此分散至神州各地。除了置身于事外的金翅族外，仅存的血狐族与赤虎族两大族，从此过著互相牵制却也互相觊觎彼此力量的日子。
本作故事发生在二代的十数年前，时值东汉光和年间，玩家将扮演对发明与锻造有偏好的热血少年“夏皓”，因缘际会之下结识了张角之女张婕，并与太平道教主张角、以星象神算著名的玄机宫宫主—计采遥一同发现了封印魔界之门的上古机关“七曜星轮”之封印有松动迹象，为了拯救神州，主角和同伴们踏上寻找七曜晶玉的旅程，为了再度封印魔界之门而努力。
◆ 迈向全新的冒险！
《幻想三国志 3》的剧情走向将延续前作独特世界观，发展全新主角群的故事。本作中玩家们将可选择即时战斗与回合制切换，享受连击等不同感受的武打场面外，还针对不同习性的玩家，可切换游戏难易度，配合玩家不同的需要。
◆ 双主角、多分歧、多结局
游戏耐玩性上也新增多种战斗事件及双主角多结局的特色，玩家可自由选择、交叉扮演男、女主角，体验双主线的剧情设计，结合分歧剧情，将带给玩家多重结局的惊奇及游戏乐趣。
◆ 操作简单易上手 自由配点出奇招
本作强调简单易懂的游戏操作介面，并设计有详细任务提示，即使是游戏新手也能轻松上手。在技能设计上则采用“自由配点”模式，玩家可选择喜爱的武学招式和技能术，灵活搭配奇术、阵法来克敌制胜。
◆“秘邑”自由造神兵 隐藏任务多惊奇
游戏中设计了上古神匠工坊“秘邑”，玩家可打造无数神兵力器，搭配上更华丽的纸娃娃系统、豪迈的战斗连击以及首创的“隐藏战斗任务”，可因应条件与难易度设定不同，将给玩家更多神秘惊喜。
